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ライフサイエンスソリューション

DNAシーケンスアセンブルソフトウェア SEQUENCHER

製品概要・特長

製品概要

SEQUENCHER(シーケンチャー)は、米国 Gene Codes社が開発したキャピラリーシーケンサー、次世代シーケンサー(NGS)に対応したDNA配列解析ソフトウェアです。

シンプルかつ分かり易い操作で、アセンブル、アライメント、SNP解析、Blast検索などの解析を行うことができます。SEQUENCHERは全世界でSNP探索、系統分類、法医学、ウィルス学、がん研究などさまざまな分野で利用されています。

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SEQUENCHER V5.4

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特長

●優れた操作性
トリミング・アセンブルなどの重要な機能を、ボタン1つで実行できます。
●高機能アセンブル
  • 長大なギャップにも対応できます。
  • ギャップを3'側に寄せることができます。
●次世代シーケンサ対応
Velvetによるde novoアセンブルMAQ、GSNAP、BWAによる参照配列へのアライメントを行うことができます。
●優れた操作性
トリミング・アセンブルなどの重要な機能を、ボタン1つで実行できます。
●充実した編集機能
  • クロマトグラムを見ながらコンティグを編集できます。コンティグとクロマトグラムの表示は常に連動します。
  • 各フラグメント中のコンセンサス配列との不一致部分を自動的に編集することができます。
●SNP探索支援
  • 参照配列(配列間の比較時に標準となる配列)を設定できます。
  • 参照配列と各フラグメント、コンセンサス配列の比較レポートを出力できます。
  • インフルエンザウィルスなどで、アミノ酸配列(タンパク)の変異を翻訳バリアンステーブルなどを使い確認することができます。
●多用なデータフォーマットへの対応
SEQUENCHERは下表のデータフォーマットに対応しています。
データの種類 ファイル形式
波形データ ABI, ALF, LI-COR, SCF
クオリティデータ ACE, Qual, TraceTuner, ESD, SCF, ABI3730, FastQ
配列データ テキスト, FastA(マルチFastA), FastA aligned, .ma4(Vector NTIデータ)
他社ソフトウェア製品のデータ ContigExpressプロジェクトファイル(Vector NTI)

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* SEQUENCHERは、米国Gene Codes Corporationの米国およびその他の国における商標または登録商標です。

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